a-helcal구조를 지닌 단백질 분석을 위한 프로그램, 애플릿.
1. Online secondary structure prediction
현재 실험중인 단백질의 구조가 궁금한가..정확하진 않지만..2차구조 요즘 얼추 잘 맞춘다
- Chou Fasman
2. Helical wheel diagram 그리기.
일반적으로 약 7개의 아미노산이 a-helix구조에서 360도를 회전한다. -helix구조가 예상되는 단백질 서열을 입력한후 helical wheel을 그리면 charge나 hydrophobicity에따라 assymetric한 패턴의 존재 유무를 확인할수 있다.
- http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/bioinformatics/Proteomic_tools/Helical_wheel/
- Helical Wheel Applet (Java필요)
- http://www.site.uottawa.ca/~turcotte/resources/HelixWheel/ (다운로드-HelixWheel.zip )
3. a-helical 구조를 취하는 것들중 amphiphatic 한 특성을 지니는 경우 coiled coil형태로 homo dimer 나 trimer를 형성할수 있다. coiled coil domain인지 유무를 판단할수 있는 프로그램이 있다.
- http://groups.csail.mit.edu/cb/multicoil/cgi-bin/multicoil.cgi (for multi coil)
- http://groups.csail.mit.edu/cb/paircoil2/paircoil2.html (Fasta 포멧으로 입력해야 함)
4. 단백질 서열을 넣으면, 분자량, Extiction Coefficient, hydropathy 계산해주는 곳.
- http://www.basic.northwestern.edu/biotools/proteincalc.html
농도 계산법(M) = A280 / Extiction coefficient (A280 = absorbance at 280nm wavelength. Standard buffer for measurement = 8M Guanidine HCl)
5. Glycoslyation site prediction
- N-glycosylation : http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/
- O-glycosylation : http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/
